生物信息学研究生教学初探

　　摘要：本文作者针对生物信息学的特点和教学现状，探讨了研究生教学过程中的一些体会和感受，重点探讨了如何培养研究生学习兴趣和综合素质，以及如何做到理论与实践相结合。

　　关键词：生物信息学，研究生教学，实践

　　作者：陈强

　　1.引言

　　生物信息学（bioinformatics）是一门新兴的交叉学科，生物学与医学、数学、计算机科学是其中三个主要组成部分。生物信息学作为跨越生命科学和信息科学两大热点领域的学科，拥有蓬勃的生命力。面对人类基因组计划所产生的庞大的分子生物学信息，生物信息学的重要性已越来越突出，它无疑将会为生命科学的研究带来革命性的变革。［１］［２］国内外对生物信息学的人才需求也在激增。

　　目前，生物信息学在我国尚处于起步阶段，因为要进行生物信息学的研究，对人员要求很高，需要深厚的生物大分子结构和功能方面的背景知识，需要扎实的应用数学或统计学知识，还需要精通计算机，至少得具备三者之二。但实际情况是大部分从事生物学研究的人不熟悉计算机，而从事计算机科学的人员多数又缺乏对生物学的了解。尽管如此，生物信息学的教育在国内外高等院校及科研机构越来越普及。据不完全统计，我国超过30个高校或科研机构开设生物信息学专业课程。［３］这些研究与教育一般分散在多个系所属的多个专业中，如生命科学院（北京大学等）、计算机学院（哈尔滨工业大学等）、理学院（天津大学等），我校是由计算机学院开设全校公共课。不同学校根据自身的情况，在开设生物信息学这门课时，侧重点都不一样。如果由医学院的教师授课，则侧重点可能在致病基因的研究方面，［４］计算机专业教师授课则可能侧重于数据库的管理、查询等方面，［５］理学院的教师授课则可能侧重于生物信息学中的数学问题。笔者是计算机专业出身的，研究方向为图像处理与模式识别，所以主要从计算机和数学的角度去授课。另外，研究生教学又与本科生教学［６］不同，研究生教学更加应该注重培养学生的主动学习意识和综合能力。笔者将教学实践中的心得进行了初步的总结，以供商榷。

　　2.注重培养学生的学习兴趣

　　从培养学生的学习兴趣出发，在课堂教学过程中，充分利用丰富的网络资源，如图像、视频等。比如在介绍模式生物时，可以给出各种模式生物的图像；在介绍各种各样的生物数据库时，可以在课堂上现场上网登陆数据库，演示和介绍各个数据库的特点和使用方法等。研究生不同于本科生，本科生可能比较习惯于教师的灌输性教学，而研究生教学更加鼓励学生主动自觉地学习。这从“研究”一词的英文解释“re-search”――再（“re-”）探索（“search”）中也可以看出。教师在研究生学习过程中主要起引路的作用，而不可能手把手带着学生研究。生物信息学更是如此，它是一门新兴的交叉学科，很多理论和研究内容还不成熟，需要科学工作者不断地探索。因此，通过生动形象的启发式课堂教学，培养学生的学习兴趣，对学生以后的进一步研究有着重要的作用和意义。

　　3.注重培养学生的综合素质

　　在生物信息学的上课过程中安排几次学生的课堂报告。具体做法是：由教师或学生在国外重要期刊（如Bioinformatics）或会议上找与学生自身的研究方向比较相近的生物信息学方面的最新文献，然后几个学生一组共同针对某几篇文献进行阅读、理解，最后以报告的形式跟大家一起交流和讨论。在这个过程中，可以培养学生的如下几个方面的能力：

　　（1）搜寻资料的能力。现在网络非常发达，网络资源也非常丰富，如何从纷繁复杂的网络资源中找到自己所需的资料不是一件容易的事。学生可以通过学校购买的数据库进行查找适合自己的文献资料，也可以通过搜索引擎进行查找。通过这个过程，学生可以了解有哪些数据库可以利用，哪些网站资源比较丰富，以及选择什么关键词进行查找比较有效，等等。

　　（2）阅读外文文献的能力。学生在本科阶段一般没有读外文文献的习惯，而进入研究生学习阶段，为了了解和研究国际前沿领域，就必须阅读大量外文文献，毕竟国外的科技实力在很多方面还是处于领先位置的。给学生指定几篇优秀的外文文献进行阅读和理解，可以一定程度上锻炼学生阅读外文文献的能力。因为要想真正理解文献的内容，就必须对文献进行仔细认真的阅读和研究。

　　（3）团结协作的能力。每个课堂报告都是由几个学生共同参与完成的，在这过程中有组织协调和分工的问题，这需要大家共同努力，团结协作。团结协作在当今社会越来越被推崇，所以培养学生团结协作的能力对于他们以后进入社会很有帮助。从实际执行的情况看，效果还不错。比如有的学生数学基础好，他就负责理解文献中的公式和算法部分；有的学生计算机能力比较强，他就负责编程实现、课件制作等。

　　（4）口头表达的能力。课堂报告的最后陈述和讨论可以锻炼学生的口头表达能力。有的学生平时很少有作报告的机会，所以口头表达的能力得不到锻炼。本课程提供给学生一次口头表达能力锻炼的机会，让学生体会到如何组织报告内容、如何把自己理解的内容介绍给听众是比较有效的，是容易被大家理解和接受的。

　　4.理论与实践相结合，鼓励交叉性研究

　　为了做到学有所用，笔者从每个学生自身的研究方向出发，为每个学生指定与其研究方向相关的生物信息学方面的最新文献进行阅读和理解。鼓励学生进行跨学科切交叉性研究，将所学的生物信息学知识应用于实际的研究中，或者利用已掌握的知识促进生物信息学的研究。比如课堂上的计算机学院的学生有研究图像处理与模式识别的，就给他们安排一些生物图像处理、基因识别等方面的文献。这种交叉性的学习和研究，有可能激发学生的灵感，获得比较大的创新性成果。

　　5.结语

　　生物信息学课程教学的实践表明，学生经过这门课程的学习，学到了一定的内容，如对生物信息学这门课有了比较清楚的了解和认识、综合素质得到了一定的提高、找到了一些适合自己的研究切入点等。总的来说，教学效果不错，但还需要进一步探索，进一步完善。